巴氏殺菌機殺菌的原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢;溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的zui適生長溫度和耐熱、耐冷能力。

巴氏殺菌機是是將溫度控制儀設定好PU值給轉化為各溫區水槽的實際控制溫度的曲線，在通過對于溫度的檢測的控制各溫區的溫度的變化。主傳動電機帶動上下兩層的輸瓶鏈網將物料一次的經過三個溫區的逐級的升溫預熱，和兩個溫區的殺菌以及三個溫區的逐級的降溫和冷卻的過程。

巴氏殺菌機是采用溫度低于100的高溫水來殺菌。當食品進入殺菌機，高溫殺死一些細菌，然后進入冷卻槽，驟熱驟冷的環境可以殺死剩余的一部爭細菌。然后進入風干機，將軟包裝食品可罐裝瓶裝食品表面吹干。